Wraz z trzecim rozbiorem (1795) Wawel znalazł się pod zaborem austriackim. Wojsko austriackie przekształciło wzgórze na koszary, co pociągnęło za sobą liczne zniszczenia i przebudowy: obmurowano krużganki i zmieniono wnętrza zamku, rozebrano część budynków (m.in. kościoły św. Jerzego i św. Michała). Po upadku powstania krakowskiego i zlikwidowaniu Rzeczypospolitej Krakowskiej na Wawelu wzniesiono trzy ogromne gmachy szpitala wojskowego. W II połowie XIX wieku Austriacy przebudowali mury obronne w taki sposób, aby stały się częścią Twierdzy Kraków (powstały m.in. dwie kaponiery). Równocześnie trwały próby odzyskania wzgórza przez Polaków. link do strony druga.html